Este cemitério existiu na rua João de Deus no terreno onde foi construída a cadeia comarca actualmente sede dos escuteiros e ocupou apenas uma pequena parte desse terreno. José Alfredo Azevedo grande Homem de Sintra conta que durante a sua vida ainda se lembrava de se ver da rua a parte superior do mausoléu onde repousavam entre outros os restos mortais do último capitão-mor de Sintra - Maximiano José dos Reis. Porque o cemitério estava num plano superior à rua João de Deus apenas se avistavam quatro colunas encimadas por uma pirâmide quadrangular. A parte inferior estava tapada pelo muro.

Hoje sei que alem do capitão-mor até foram inumados outros familiares. Através de um escrito do coronel Afonso de Dornelas que recolheu todas as inscrições lapidares que ainda existiam no ano de 1915. Esse escrito está hoje no Arquivo Histórico de Sintra e pertencia ao Instituto de Sintra que anteriormente se chamava Instituto Histórico de Sintra e do qual o coronel foi um dos fundadores. O cemitério de S. Sebastião tinha regulamento próprio e era também conhecido por cemitério velho.

Conta o coronel o seguinte:

“…dentro deste cemitério foi construída a actual cadeia e naturalmente se um dia cair ou for demolida lá serão encontrados com certeza muitos fragmentos de sepulturas. A cadeia tem um pátio á volta mas ainda ficou um razoável espaço de cemitério em que variados arbustos principalmente eras e silvas têm coberto tudo e emaranhado de tal natureza que tem forçado a cair as diferentes colunas, vasos, lapides, tudo enfim. É um verdadeiro matagal intransitável e perigoso pois a cada passo julgando-se terreno seguro resvala-se por entre cruzes e pirâmides que estão a monte cobertas de mato…”

De seguida estão os nomes de algumas pessoas aqui sepultadas: Máximo José dos Reis, Libanea dos Reis Gallwey, Família de Joaquim Maria da Cunha, António Joaquim de Torres Mangas, D. Inês Rosa, António Rebelo Palhares entre outros. Junto ao muro que separa o cemitério do pátio da cadeia há uma urna de dois noivos que estiveram casados 19 dias e morreram com diferença de dois dias tendo ela 21 e ele 24. D Mariana de Oliveira era criada de quarto da Rainha D. Maria Pia e a filha aquela a quem a inscrição se refere também o era. Foi a senhora D. Maria Pia e o Rei senhor D. Luís que deram o dinheiro para a construção do pequeno mausoléu onde foram sepultados os dois noivos. Ambos morreram no Paço de Sintra com febre-amarela.

O Cemitério de S. Sebastião parece ter sido inaugurado em 1845 e o ultimo registo data de 27 de Junho de 1896. Em 1898 a Câmara resolveu que os proprietários de jazigos e campas do cemitério os deveriam remover para o de S. Marçal. Na mesma reunião foi resolvido remover também a capela que lá  existia.